Der Zug kam im Bahnhof Seubersdorf zum Stehen. Um 09:09 Uhr wurden Einsatzkräften des Rettungsdienstes alarmiert und mit dem Einsatzstichwort „unklare Lage“ zum Bahnhof entsandt.
Bereits wenige Minuten nach Alarmierung trafen die ersten Rettungskräfte an der Einsatzstelle ein. Sie stabilisierten die drei Schwerverletzten und führten sie schnellstmöglich Kliniken zu. Aufgrund der Lagemeldung der ersteintreffenden Rettungskräfte wurde von der Einsatzleitung ein Großaufgebot des Rettungsdienstes und Katastrophenschutzes nachalarmiert. Die umstehenden Personen und Fahrgäste wurden kurzzeitig betreut, bis die Einheiten des Katastrophenschutzes eine entsprechende Sammelstelle errichtet haben.
110Einsatzkräfte des Rettungsdienstes und der ehrenamtlichen Katastrophenschutzeinheiten aus drei Regierungsbezirken kamen zum Einsatz. Knapp 200 aus dem Zug evakuierte Fahrgäste wurden durch das Bayerische Rote Kreuz und die örtliche Feuerwehr in Räumlichkeiten in der Nähe des Bahnhofs betreut und mit Warm- wie Kaltgetränken versorgt. Ein Kriseninterventionsteam stand den Betroffenen zur Verfügung.
„Ich danke den Einsatzkräften für ihren Einsatz in dieser schwierigen und unübersichtlichen Lage“, übermittelte der Präsident des Bayerischen Roten Kreuzes, Theo Zellner, bereits am frühen Mittag der Einsatzleitung. „In den schwierigsten Einsatzlagen können wir uns auf den Rettungsdienst und den ehrenamtlichen Katastrophenschutz verlassen.“
Nach knapp zehn Stunden stellte die Einsatzleitung um 19:00 Uhr das Einsatzende des Rettungsdienstes fest.