Das Bayerische Rote Kreuz ist aus historischen Gründen als einziger von 19 Landesverbänden des Deutschen Roten Kreuzes e.v. nicht als eingetragener Verein, sondern als Körperschaft des öffentlichen Rechts organisiert. Zuständige Aufsichtsbehörde ist das Bayerische Staatsministerium des Inneren. Dezentral organisiert, ist das BRK eine durch das Ehrenamt geprägte Organisation. Gesetzlich vertreten durch den Präsidenten, verwaltet es durch seine gewählten Organe und Gremien seine Angelegenheiten und sein Vermögen selbst. Der ausschließlich ehrenamtlich besetzte Landesvorstand leitet das Bayerische Rote Kreuz und entscheidet in allen wichtigen Angelegenheiten - etwa über die verbandspolitische Zielsetzung oder die abschließende Aufstellung des Haushaltsplanes. Aus der Mitte des Landesvorstandes wird ein ebenfalls rein aus Ehrenamtlichen bestehendes Präsidium gebildet, das sich aus dem Präsidenten, den beiden Vizepräsidenten, dem Landesarzt, dem Landesschatzmeister, dem Justiziar, je einem Vertreter der Rotkreuz-Gemeinschaften, einem Vertreter der Bezirksverbände, der Generaloberin der Schwesternschaften und dem Landesgeschäftsführer mit beratender Stimme zusammensetzt. Das Präsidium ist mit Persönlichkeiten besetzt, die über große Erfahrungswerte in den Bereichen Politik, Gesellschaft und Wirtschaft verfügen. Eine ausgewogene Zusammensetzung, die sich auch in unterschiedlicher Parteizugehörigkeit ausdrückt, gewährleistet dabei, dass verschiedene Perspektiven bei der Entscheidungsfindung berücksichtigt werden. Das Präsidium des BRK ist das oberste ausführende Gremium und führt die Geschäfte im Rahmen der strategischen Ausrichtung der Landesversammlung und des Landesvorstandes. Daneben hat es Kontrollaufgaben gegenüber der Landesgeschäftsführung, dem Landesvorstand und der Landesversammlung. So hat das Präsidium in Wahrnehmung seiner Aufsichts- und Weisungsfunktion u.a. die Aufgabe der Formulierung der Ziele für den Landesgeschäftsführer, die Bestellung der Landesgeschäftsführer, aber auch die Abberufung eines Landesgeschäftsführers, die Überwachung der Geschäftsführung des Landesgeschäftsführers sowie die Beschlussfassung über Vorlagen der Landesgeschäftsführer.
Im Zentrum der vielfältigen internen und externen Aufgaben des Präsidiums steht jedoch die Definition langfristiger strategischer Ziele, die Entwicklung von Richtlinien und die Entscheidung über Großprojekte, die für die Zukunftsfähigkeit des BRK entscheidend sind.